犬细小病毒病的病理变化主要取决于病毒对分离细胞所需要的必要条件。因此病毒复制主要在肠 、淋巴组织和骨髓 。细胞也必须具有适当病毒受体 ,因为并不是所有具备细胞增殖的组织都受影响。加速细胞增殖有利于病毒复制, 加重病理变化和临床症状。 因此如果感染犬冠状病毒先于CPV ,冠状病毒通过破坏更多的成熟绒毛上皮细胞来刺激肠腺胚上皮的增殖 ,导致双重感染 ,使感染症状更严重。在肠道内 ,细小病毒的复制杀死了肠腺的胚上皮细胞, 导致上皮脱落、绒毛变短、呕吐和腹泻 。淋巴坏死和骨髓增殖细胞的破坏导致淋巴细胞减少, 严重者出现泛白细胞减少症。